El proyecto tiene tres grandes ejes de trabajo: conservación de ecosistemas, producción sostenible y gobernanza ambiental.

En su primer eje de trabajo, ECCOS incentiva la gestión de Áreas Protegidas y Unidades de Conservación del Patrimonio Natural a través de autoridades capacitadas y una sociedad civil organizada. En el segundo eje, trabaja para que las comunidades indígenas, campesinas y productores privados fortalezcan el valor que le dan a los ecosistemas en la producción. Finalmente, en el tercer eje, promueve la toma de decisiones de manera descentralizada y participativa, a través de mecanismos innovadores de gobernanza.